Kopertais Wilayah XI Kalimantan ini dipimpin oleh Ketua sekaligus Kordianator, di bantu dengan seorang sekretaris yang membawahi Kepala Bagian BINA PTAIS yang dibantu oleh Kasubag Registrasi dan Ujian beserta staf, Kasubag Tenaga Pengajar beserta staf, dan Kasubag Evaluasi dan Akreditasi beserta staf yang membawahi seluruh anggota PTAIS Sekalimantan.
Untuk menunjang kegiatan operasional maka Kopertais Wilayah XI ini dilengkapi dengan ruang kepala, ruang karyawan, ruang tamu, free hotspot/wifi untuk internet, ruang pertemuan, ruang data, aula, musholla, parkir, gazebo/taman belajar dan diskusi, dll.